En cuanto a tu primera cuestión, a la bandera de la CE le pasa igual que a la de la UE; no es bandera propiamente dicho pues no representa a ninguna nación por lo que lo más habitual es que vaya en último lugar salvo en las sedes y reuniones de la propia CE.

Respecto a tu segunda cuestión, habría que ver si existe normativa respecto a la bandera del patrón de la ciudad en el consistorio ya que cada ayuntamiento puede darle un tratamiento diferente en base a la tradición y costumbres del propio municipio (que son en realidad la base de cualquier protocolo). En general, sin conocer la normativa concreta, con la bandera del patrón pasaria como la de la CE y UE iría tras las banderas institucionales o separada de estas en un lugar relevante; de querer intercalarse se haría tras la de la CA, de modo que fuese el Ayuntamiento quien cediese su puesto. Siguiendo con esto, no habría problema de que dicho estandarte estuviese en el fachada del Ayto o en el interior del salón de plenos ya que no dejaría de ser una demostración pública de que consideran al Patrón (representado por su bandera) como un símbolo del municipio tan importante como el propio Ayuntamiento.

Un saludo,